تدور أحداث الفلم في جزيرة هاتشيجو جيما جنوب وسط طوكيو. يجتمع العديد من المهندسين من جميع أنحاء العالم ليشهدوا إطلاق نظام جديد يربط جميع أنظمة كاميرات إنفاذ القانون حول العالم ويتيح التعرف على الوجه في جميع أنحاء العالم. يتوجه كونان إلى هناك أيضًا بدعوة من “سونكو” ويتلقى رسالة من “أوكيا سوبارو” التي تقول بأنه أحد عملاء “يوروبول” قد تم قتله في ألمانيا على يد جين والمنظمة السوداء. ينزعج كونان من هذا وفي الوقت نفسه يتم إختطاف مهندسة بالمنشأة الجديدة من قبل المنظمة السوداء بحثاَ عن معلومات مهمة في جهاز ال USB الخاص بها.
الفيلم يأخذ مكانه في “شيبويا” في الهالوين. في مبنى “شيبويا هيكاري”، حفل زفاف معين يجري. هناك، “ميواكو ساتو” في فستان زفاف. فجأة، دخيل ينفجر، ويصاب “واتارو تاكاغي” وهو يحمي “ميواكو”. وفي الوقت نفسه، مجرم التفجير المتسلسل من الحادث الذي وقع قبل ثلاثة أعوام والذي قتل “جينبي ماتسودا” (الذي كانت “ميواكو” تحبه) قد هرب. “ري فورويا”، الذي كان زميلاً لـ “جينبي” في الصف في أكاديمية الشرطة، يتتبع الجاني، ولكن، يظهر شخص غامض، ويعلق طوقا متفجر على رقبته. “كونان” يسمع عن الحادث الذي حصل قبل ثلاث سنوات من “ري”، ويحاول إبطال الطوق المتفجر.
هيجي هاتوري، المتحري الشهير من الغرب، يبحث عن صديقته كازوها توياما في مدينة كيوتو. يجد هيجي كونان وأصدقائه، الذين يبحثون عن عصابة سرقت تمثالًا من أحد المعابد. يتورط هيجي في محاولة إنقاذ كازوها بعد أن يكتشف أن كرة الكريستال المفقودة هي في حوزته، ويتبع الأحداث المشوقة داخل المعبد وفي مواجهة العصابة. فيكتشف هيجي أمورًا مثيرة عن صديقته وعن الماضي.
"كوكون أي الشرنقة" هو عنوان لعبة خيال علمي تدخل فيها شخصيات كونان والمتحرون الصغار. يحدث شيء غير متوقع عندما تسيطر برمجية تسمى "سفينة نوح" على اللعبة. يبدأ كونان وأصدقاؤه مغامرتهم داخل اللعبة لحل لغز جريمة مع مساعدة شخصيات خيالية وحقيقية. يواجهون تحديات كبيرة ويكتشفون حقائق مدهشة أثناء رحلتهم داخل اللعبة، وتتطور الأحداث بشكل مثير.
قاتل متسلسل يسعى للانتقام من مساهمي بناء البرجين والعصابة السوداء تحدث الفوضى لإخفاء هويتها والانتقام من خائنيها.
تتعرض ران لتهديد خطير من مجرم ما بعد أن فقدت الذاكرة تماماً. هل ستستعيد ذاكرتها وهل سيتمكن كونان والمحقق توغوموري من إنقاذها هذه المرة؟
يستحوذ كايتو كيد بخفته وبراعته المذهلتين على بيضة ثمينة للغاية. هل سيتمكن رجال الشرطة من الإمساك به؟ وما علاقة المحقق كونان بالقصة؟
يستخدم قاتل متسلسل أوراق اللعب لقتل ضحاياه واحداً تلو الآخر. من ضحيته التالية؟ ومتى سيتوقف عن تهديد أمن وسلامة الجميع؟
أحدهم زرع القنابل في كل مكان ولم يتمكن أحد من معرفة هويته. من يكون؟ من وراءه؟ وهل سيتمكن المحقق كونان من إيقافه؟